ساختمان این بنا در روزگار پادشاهی محمدشاه قاجار آغاز گردید و در سال‌های نخستین سلطنت ناصرالدین‌شاه (۱۲۶۴–۱۳۱۳ق)، به پایان رسید.

به نظر می‌رسد که این مجموعه، بر روی آثار به جای مانده پس از زلزله ۱۱۹۲ق یا دوره‌های گذشته ساخته شده باشد، به خصوص شبستان ۴۰ ستون شمالی مسجد که احتمالاً پیش از احداث گنبدخانه بر روی بقایای خانقاه، مسجد، مقبره و مدرسه خواجه تاج الدین (متعلق به اواسط سده ۹ق) ساخته شده است.

تلفیق این شبستان با مسجد و مدرسه‌ای که بعداً در کنار آن ایجاد گردید، یکی از نمونه‌های ایجاد هماهنگی و اتصال دو بنا در کنار هم است.